Lac post-glaciaire du massif du Jura, le lac du Bourget a été formé à l'issue de la dernière glaciation de Würm, il y a environ 19 000 ans, par le retrait du grand glacier alpin du quaternaire. C'est le plus grand lac naturel d'origine glaciaire entièrement situé en France, la plus grande partie du Léman étant située en Suisse.

Son nom actuel, lié à la commune qui borde sa partie méridionale, n'a été utilisé qu'à compter du xiiie siècle. Artistiquement, le lac est particulièrement lié à la présence du poète Alphonse de Lamartine qui y écrivit des poèmes, dont Le Lac dédié à la femme qu'il aime, Julie Charles, lors de son séjour en octobre 1816.

Ce lac recouvrait la majeure partie du sillon alpin entre Seyssel au nord et Saint-Marcellin au sud-ouest, ainsi que la combe de Savoie jusqu'à Albertville à l'est, et la vallée du Rhône jusqu'à Yenne, à l'ouest. Il recouvrait une surface de 1 000 km2 (contre 44,5 actuellement), avait une longueur de 140 kilomètres (contre 18 km) et une cote de 360 mètres (contre 231,5 m).

Il y a 70 000 ans, ce grand lac finit par diminuer en dimension et en volume et se réduit au niveau de ce qui sera le futur lac du Bourget, mais à une cote encore supérieure, estimée à 270 mètres.

Puis, lors de la glaciation de Würm, les glaciers de l'Arve et de l'Isère s'affrontèrent et creusèrent la dépression du val du Bourget, sur une longueur de 50 kilomètres, entre Seyssel, Yenne et Challes-les-Eaux. Cette dépression fut occupée par un nouveau lac à la suite de la fonte des glaciers, vers −30 000 ans2.

D’une superficie de 44,5 km2 (4 450 hectares), le lac s’étire tout en longueur dans un axe nord-sud sur 18 kilomètres, et avec une largeur comprise entre 1,6 et 3,5 kilomètres. Sa profondeur moyenne est de 85 mètres, et sa profondeur maximale de 145 mètres4. Le lac du Bourget est à ce titre considéré comme le plus grand lac naturel d'origine glaciaire de France, mais pas le plus grand lac naturel toutes origines confondues, qui est le lac d'Hourtin-Carcans en Gironde, d'une superficie de 56,67 km2 (5 667 hectares). Ce dernier est par contre beaucoup moins profond (maximum 10 mètres) et son volume est donc très inférieur.

D’une altitude moyenne de 231,5 mètres,